Nach schwierigen Jahren erstrahlte der FCD 1963 zu neuer Blüte. Neben dem Pokalsieg feierte man auch die Rückkehr in die Landesliga. Maßgeblichen Anteil daran hatten die vielen Eigengewächse, die aus der Jugend nachrückten.
Auch heute noch ist die Jugendarbeit zentraler Bestandteil des Vereins. Dabei schafft man es immer wieder Spieler und auch Trainer für den Profifußball auszubilden. Über 40 Spieler schafften in den letzten 16 Jahren den Sprung in die höchste Jugendklasse oder mindestens in die Regionalliga. Oliver Hein und Sebastian Nachreiner sind dabei als Spielführer beim SSV Jahn Regensburg die großen Aushängeschilder. Obendrein liefen gleich drei Spieler in jüngster Vergangenheit für die deutsche Juniorennationalmannschaft auf. Auch auf der Trainerschiene kann der FCD zum Aufstieg verhelfen. Mit Thomas Schneider, Wolfgang Beller, Michael Wimmer und Manuel Baum sah gleich vier ehemalige Trainer bzw. Jugendspieler in der 1. Bundesliga.
Aber auch abseits des Profitraums beschert die Nachwuchsarbeit unvergessliche Momente. Johannes Comoretto spielte beispielsweise eine Weltmeisterschaft der Ärzte in Katalonien und Mexiko. Auch erwähnenswert ist die Nachwuchself von Werner Grill, die die Farben Deutschlands beim Danone Cup in Lyon vertrat.
Längst trug der FCD seine Heimspiele im Isar-Wald-Stadion aus. In den 1960ern lockte man in Testspielen gegen den FC Bayern München, TSV 1860 München und den Hamburger SV mehrere tausend Zuschauer auf den Fußballplatz. Jedoch sollten die Zuschauerzahlen schon bald ein Problem darstellen. In den 70er Jahren begann es beim FCD zu kriseln. Sportlich wurde man zu einer Fahrstuhlmannschaft. Gleich mehrmals stieg man auf und auch wieder ab. Obendrein nahm das Zuschauerinteresse spürbar ab. Während in den 1960er Jahren noch 11.500 Zuschauer in einer Spielzeit die Heimspiele besuchten, waren es in den 70ern nur noch knapp 3.000.
Zusätzlich drohte dem FCD die Auflösung. Es war schwer Leute für die ehrenamtliche Arbeit im Verein zu begeistern. Händeringend wurde ein Vorstand gesucht. Nur dank des Engagements besonderer Einzelkämpfer konnte der Verein durch die unsicheren Fahrwasser geführt werden.
Trotz aller Schwierigkeiten wird in dieser Zeit die Jugendarbeit weiter forciert. Ganze sechs Jugendteams stellt der FCD mittlerweile. Dabei sind auch erstmals Eltern als Trainer am Werk und mit den Bambini-Mannschaften wird ein Unterbau zu den Schülern geschaffen.
In den 80er Jahren kann man die Anzahl der Jugendteams auf zehn vergrößern. Diese sind mittlerweile auch in der damals höchsten Spielklasse – der Bayernliga – aktiv.
Auch heute noch bildet die Nachwuchsarbeit das Fundament des Traditionsvereins. Nach schwierigen Jahren, wo man bisweilen nicht mal mehr eine A-Jugend stellen konnte, hat der FCD den Turnaround geschafft. Knappe 300 Kinder und Jugendliche jagen in 20 Mannschaften dem runden Leder hinterher. Teilweise agiert man in den höchsten Ligen Niederbayerns und schaffte obendrein mit dem Landesliga-Aufstieg der U17 die Rückkehr auf die überregionale Bühne.