Christoph Schmalhofer startete seine Laufbahn beim FC Dingolfing und wechselte als A-Jugendlicher zum FC Augsburg. Sein letztes Junioren-Halbjahr verbrachte er dann sogar beim FC Bayern München, bei dem er aber im Anschluss kein Vertragsangebot erhielt. Seine Premierensaison hatte der ehrgeizige Torhüter beim FC Dingolfing, mit dem er die Qualifikation für die damals neueingeführte Bezirksoberliga schaffte. Schmalhofer wechselte dann aber 1988 zur SpVgg Landshut. In den sechs Jahren am Hammerbach spielte der Keeper jeweils drei Jahre in der Bayern- und Landesliga. 1994 wechselte Schmalhofer für eine Saison zum SSV Jahn Regensburg in die Bayernliga.
Einblicke in seine Laufbahn gibt es im Interview bei FuPa unter: https://www.fupa.net/berichte/djk-sv-altdorf-schmalhofer-das-maximum-aus-meinen-moeglickei-2658398.html